一般地讲，基建资金应专户专人管理；但是对于人手少、工程项目金额不大、或同意先在费用中挂账，项目完工后再清算的装饰、维修工程就难做到专户专人管理。因此对基建资金运用进行合规性审计主要审计以下内容：
一是基建资金是否多头开户，基建资金是否明确了一支笔审批；
二是资金往来是否正常，所付材料或工程款是否与实际发生额基本相符；
三是资金去向是否为工程承包合同单位，是否有挪用、转移资金等问题；
四是付款手续是否合规，有无经办人、审批人审批签字；
五是基建资金是否计存款利息收入；
六是抽查预付工程款是否与工程承包方的“工程价款预支账单”相符。
