流式细胞仪是以激光为光源，检测生物学颗粒理化性质的仪器。其基本工作原理：
（1）仪器将悬浮分散的单细胞悬液，经特异荧光染料染色后，放入样品管。
（2）在气体压力的作用下，样品管中的单细胞悬液形成样品流垂直进入流式细胞仪的流动室，并沿轴心向下流动，流动室轴心至外壁的鞘液也向下流动，形成包绕细胞悬液的鞘流液，鞘液和样品流在喷嘴附近组成一个圆柱流束，自喷嘴的圆形孔喷出，与水平方向的激光束垂直相交，相交点即为测量区。
（3）染色的细胞受激光照射后发出荧光，同时产生光散射。这些信号分别被呈90°角方向放置的光电倍增管荧光检测器和前向角放置的光电二极管散射光检测器接收，经过转换器转为电子信号，经模/数转换输入计算机。
（4）计算机通过相应的软件储存、计算、分析这些数字化信息，就可以得到细胞的大小和活性、核酸含量、酶和抗原的性质等物理和生化指标。
