1、鉴定宝石种属
例如，红宝石与红色尖晶石十分相似，但红宝石常含有针状、绢丝状金红石包裹体，其平行红宝石的晶体六方面，构成三组交角为60度和120度。而尖晶石中常有八面体的尖晶石包裹体
2、判别部分宝石的产地；
例如：斯里兰卡红宝石中的金红石包裹体为细丝状，而缅甸的红宝石中金红石为针状
3、区分天然宝石和人造宝石
例如，天然红宝石的形成的是六边形生长线或色带，而人工合成的红宝石，特别焰熔法合成的红宝石生长线为弧状
4、检测优化处理的宝石；
加热改色宝石与天然宝石十分相似，难以区别，包裹体成为重要的鉴定特征。例如，加热改色的宝石其中的包裹体会膨胀，在其周围产生圆盘状裂隙。
5、评价宝石的净度和品质
对宝石来说，一些包裹体的出现是有害的，影响宝石的透明度，进而影响宝石的价值；另一些包裹体的存在会增加宝石的价值，例如，水胆玛瑙、有昆虫的琥珀、发晶等。6、提供宝石形成的物理化学条件及成因信息。
原生包裹体可以有固态、液态、气态，或者他们共存，当加热到一定温度，不同物态的包裹体逐渐混溶，又不均一态变为均一态，并充满整个包裹体的空间，这是的温度大体上相当于宝石形成的温度。
