明朝中央秘书机构主要有内阁、六科、通政司、司礼监、文书房。
内阁：批答各处上呈的奏章，提出初步处理意见，草拟诏令，再进呈皇帝裁决，宣宗时，内阁的地位升居六部之上，类似于唐宋的政事堂。大学士称阁老，但是一切受命于皇帝，无决策权，是皇帝的高级顾问和秘书。分为两个专门的秘书机构，中书科与制赦房。
六科：六科集唐宋门下省、起注院的责任于一身，既辅助皇帝处理公文，又有权封驳弹纠六部、督促、催办六部处理公文，兼记注皇帝圣旨，职掌颇宽，有秘书机构的性质，皇帝依靠它实现对各部的领导和控制。所以实际作用很大，皇帝对他们要求甚严，他们办事必须十分谨慎。
通政司：集南北朝通事舍人、唐代知匦使、宋代通进银台司的职责于一身，是中央政府总的收文机构，也是皇帝与朝野联系的咽喉之处，可以充分发挥沟通上下的作用，尤其让来自下层的情况能畅通无阻地直达皇帝。要求通政司发挥沟通上下的作用，尤其是下层的情况可以如实汇报给皇上
司礼监：帮助皇帝阅读奏章，弄清其中心意思后向皇帝扼要奏告，从而演变成皇帝的私人秘书机构。是明代皇宫内由宦官组成的内侍机构之一。
文书房：为皇帝草拟文书，凡司礼监的太监必须从文书房中选用。文书房类似翰林院，而司礼监则类似内阁，但是，其职权往往大于学士。
