（1）凝胶层析：凝胶层析柱中装有多孔凝胶，当含有各组分的混合溶液流经凝胶层析柱时，各组分在层析柱内同时进行两种运动。
①随着溶液流动而进行的垂直向下的移动
②无定向的分子扩散运动（布朗运动）。大分子物质由于直径大，不能进入凝胶的微孔，只能分布于凝胶颗粒的间隙中，以较快的速度流过凝胶柱。较小的分子能进入凝胶微孔内，使小分子物质向下移动的速度比大分子的慢，从而使混合液中各组分按照相对分子质量由大到小的顺序先后流出层析柱，达到分离的目的。操作过程一般包括装柱、上柱、洗脱等过程。
（2）亲和层析：原理：亲和层析是利用生物分子与配基之间所具有的的可逆的亲和力，使生物分子分离纯化的层析技术。当酶液流经亲和层析试剂时，酶分子与其配基分子结合留在柱内，而其他杂质不与配基结合，可洗涤流出，然后用适当的洗脱液进行洗脱，达到酶的分离纯化。方法：分子对亲和层析、免疫亲和层析、共价亲和层析、疏水层析、金属离子亲和层析、染料亲和层析、凝集素亲和层析。
（3）离子交换层析：原理：离子交换层析是用离子交换剂上的可解离基团（活性基团）对各种离子的亲和力不同而达到分离目的的一种层析方法。离子交换剂是含有若干活性基因的不溶性高分子物质，通过在不溶性高分子物质（母体）上引入若干可解离基团（活性基团）而制成。带电量小，亲和力小的先被洗脱下来，带电量多，亲和力大的后被洗脱下来。操作过程一般包括：装柱、上柱、洗脱和收集、再生。
