（1）物流成本没有独立的会计科目。物流的企业财务会计制度中没有单独的项目，而是与其他成本一起列在费用一栏中，因此很难对企业发生的物流成本作出准确、全面的计算与分析，也无法同其他企业的物流成本进行比较。
（2）物流成本计算的不完整、不全面。在企业财务会计报表或盈亏计算表中所反映出来的物流费用项目，仅仅是部分物流费用，即向企业外部支付的物流费，比如向运输公司、公共型仓库支付的运费和保管费，并没有包括企业内部消耗的物流成本，所以它不是企业物流成本的全部。
（3）物流成本范围的边缘不清，难以掌握和比较。对物流成本的计算和控制，各企业通常是分散进行的。各企业根据自己不同的理解和认识来把握物流成本，由于没有统一的计算标准，致使各企业物流成本包含的范围不同，因此企业间无法进行物流成本的比较，也无法得出企业物流成本的平均值，又由于各企业的物流成本缺乏相应比较的基础，所以无法正确衡量各企业相对的物流绩效，物流管理失去了依据。
（4）无法掌握和控制的物流成本较多，增加了物流成本管理的难度。在企业中，物流部门无法掌握和控制的物流成本较多，比如，由于过量进货、过量生产而产生的费用和过量服务所产生的成本都包括在其中，从而增加了物流成本管理的制度。
针对以上物流成本核算上存在的问题，显然要利用物流成本进行物流管理，就必须建立统一的物流成本计算标准，确定计算物流成本应遵循的基本原则，划分物流成本的范围，确立统一的计算口径与方法。
