超滤在运行一段时间后，膜的压力必然不断增加，因此运行一段时间后要进行反洗，虽然反洗能去除系统中的大部分污染物，但有一些粘附在膜表面仅通过机械力无法将其去除，这些物质通常是有机物和微生物，长时间的运行这部分物质会堵塞膜孔，形成污垢，一些微生物在膜表面会进一步繁殖，这样必须进行加强反洗才能去除。
主要药剂有NaClO、NaOH、HCl、十二烷基苯磺酸钠。加NaClO主要是去除一些病毒和细菌，以防病毒和细菌在膜内繁殖，对膜造成损害。加HCl主要是去除膜内侧沉积的胶体、Fe等无机物，这些物质在加酸后会生成溶解固形物。加NaOH主要是将有机物去除，当这些药剂加入到膜后，会在浸泡的过程中使药剂与膜表面污染物充分反应，最后通过水反洗把剩余的药剂与污物冲掉。
