相同点：从总体上说，清洁生产和产业生态学的指导思想和目标是协调一致的，两者都是对传统环保理念的冲击和突破。
区别：
1、清洁生产的关注重点在于产品的生产工艺过程，对于不同生产过程之间的连接考虑得较少，因此，只能解决局部问题，对于日益紧迫的全球性和地区性的重大环境影响则有些力不从心。产业生态学的出现和发展，在一定程度上弥补了清洁生产的部分缺陷，从更为宏观的角度来审视经济发展与环境保护的协调问题。
2、清洁生产的重点在于生产过程的控制，从本质上讲属于预防性措施。其典型理论是在单个组织内将环境保护延伸到与该组织有关的方方面面，而产业生态学的研究对象是整个产业系统，它在更高的层次和更大的范围内提升和延伸了环境保护的理念与内涵。
3、产业生态学的出现是建立在对清洁生产的研究基础之上的，清洁生产是产业生态学的前提和本质。
