小型节肢动物没有专门的呼吸器官，靠体表进行气体交换，如水生的剑水蚤、陆生的蚜虫等。水生种类用鳃（如虾、蟹）或书鳃（如鲎）呼吸。陆生种类以书肺（如蜘蛛）或气管（如昆虫）呼吸。
排泄器官分两类。一类是与后肾同源的腺体结构，来源于体腔囊（真体腔），水生种类一般为此类，如甲壳类的触角腺（如对虾）、颚腺，肢口类的基节腺等，这些腺体一般为囊状，一端开口于体表——排泄孔，可将废物排出体外。另一类排泄器官为马氏管，是由内胚层或外胚层形成的单层细胞的盲管，如昆虫的马氏管，一端开口于中、后肠交界处，一端游离于血腔中，收集废物入后肠随粪便排除。蛛形纲（基节腺和马氏管）、多足纲、昆虫的排泄器官为马氏管。
