1）初始排污权分配
将排污许可证指标分配给辖区内的排污单位，排污单位按照排污许可证的要求排放污染物。
2）申请
排污许可证交易的出让方与购买方向环保部门提交排污许可证交易申请书，申请书中需填写的内容包括购买（出让）排污指标的种类、数量、交易时间、地点等。
3）审核
一是对排污许可证出让方的审核：主要审查出让方是否有富余的排污许可证指标。
二是对排污许可证购买方的审核：主要审查购买方是否具备购买排污许可证指标条件。
三是对交易双方的审核：
①防止许可证指标过分集中
②对交易量的审核，若交易双方在同一功能区，一般可进行等量交易；若交易双方不在同一功能区，则须按排污交易系数核算交易后的排污许可证指标。
4）协商
提出排污许可证交易申请出让方与购买方就排污许可证交易的交易数量、交易价格、交易时间等具体内容进行协商，以达成排污许可证交易协议。
5）发证
如果交易双方达成协议，还需经环保部门审查，并重新核发排污许可证。
