1）高效率
排污许可证交易实际上是将排污指标商品化，从而可以利用市场这只“看不见的手”来自动调节，既能达到污染控制目标，又能实现污染控制成本最低，从而实现对环境容量资源的合理利用。
2）有利于政府宏观调控
（1）有利于政府调控污染物排放总量。
（2）可以通过增发或收购排污指标来调节排污许可证交易价格；
（3）可以减少政府在制订、调整排污收费标准方面的投入。
3）公平性与普遍性
排污许可证交易的主体非常广泛，企业、个体均可参与排污许可证交易。对排污者企业而言，可以根据自身利益来确定购买排污许可证的数量和污染治理量，比较灵活；对非排污者而言，可根据自身利益来确定购买排污许可证的数量，以实现参与污染控制、环境保护的目的。
