（1）免疫耐受具有特异性，即只对引起耐受的特定抗原不应答，对不引起耐受的Ag仍能进行良好的免疫应答。因而，在一般情况下，不影响适应性免疫应答的整体功能，这不同于免疫缺陷或药物引起的对免疫系统普遍的抑制作用。
（2）免疫耐受的稳定程度和持续时间，随形成的时期和机制不同而不同。在胚胎发育期，不成熟的T及B细胞接触抗原，不论是自身抗原或外来抗原，形成对所接触抗原的免疫耐受，出生后再遇相同抗原，不予应答，或不易应答。原则上，这种免疫耐受长期持续，不会轻易被打破。在后天过程中，原本对抗原应答的T 及B细胞克隆，受多种因素影响，发生耐受，这类耐受能持续一段时间，部分耐受可能随诱导因素的消失，耐受亦逐渐解除，重新恢复对相应抗原的免疫应答能力。
（3）免疫耐受的生物学作用与正免疫应答相反，但两者均是免疫系统的重要功能组成。对自身抗原的耐受，避免发生自身免疫病；与此同时，免疫系统对外来抗原或内源新生
抗原应答，执行抗感染、抗肿瘤的防卫功能，显示为免疫应答与免疫耐受的平衡，即阴与阳的平衡，保持免疫系统的自身（内环境）稳定。
1）生理性的免疫耐受对自身组织不应答，不发生自身免疫病；若打破对自身组织抗原的耐受，则自身应答性T及B细胞克隆被活化，发生自身免疫病。
2）病理性的免疫耐受，对感染的病原体或肿瘤细胞抗原不产生特异性免疫应答，不执行免疫防卫功能，则疾病发展及迁延。若打破对感染性病原体及肿瘤的免疫耐受，使适宜的特异性免疫应答得以进行，则会消灭病原体及肿瘤，疾病得以控制及治愈。
3）若建立对移植的同种异型器官组织或异种器官组织的免疫耐受，则移植物可长期存活。
