免疫耐受与临床疾病的发生、发展及转归密切相关：
（1）生理性的免疫耐受对自身Ag不应答，不发生自身免疫病。生理性的对自身组织抗原耐受的打破，则自身应答性T及B细胞克隆被活化，发生自身免疫病。病理性的免疫耐受，如对感染的病原体或肿瘤细胞抗原不产生特异免疫应答，不能执行免疫防卫功能，则疾病发展及迁延。反之，若打破对感染性病原体及肿瘤的免疫耐受，使适宜的特异免疫应答得以进行，则会消灭病原体及肿瘤，疾病得以控制及治愈。
（2）若建立对移植的同种异体器官或异种器官的免疫耐受，使受者的T及B细胞对供者的器官组织特异Ag不应答，则移植物可长期存活。否则，移植的器官被排斥，而使相应疾病得不到治疗。
