两个合约的主要区别是：
（1）基准计价地不同：一号棉花期货合约的基准交割地为河南省郑州市，二号棉花合约的基准交割地为新疆乌鲁木齐市。
（2）基准交割品不同：一号棉花期货合约基准交割品为符合棉花国家标准（GB1103－1999）规定的328B级国产锯齿细绒白棉；二号棉花期货合约基准交割品是符合棉花国家标准（GB1103－1999）规定的228B级国产锯齿细绒白棉。
（3）仓单流动方向不同。在一号棉花指定交割仓库形成的标准仓单，可用于二号棉花期货合约替代交割，替代交割时同等级升水600元/吨。但在二号棉花指定交割仓库形成的标准仓单，不能用于一号棉花期货合约替代交割。
