按生理功能和用途分类：
（1）治疗药物：对疑难杂症如肿瘤、爱滋病、免疫性疾病、内分泌障碍等具有特殊的作用；
（2）预防药物：对传染病的预防；
（3）诊断药物：免疫诊断试剂、单克隆抗体诊断试剂、酶诊断试剂、放射性诊断药物和基因诊断药物等；某些生物活性物质亦是检测疾病的指标，如谷草转氨酶等；
（4）其它生物医药用品：生物药物在其他方面应用也很广泛：如生化试剂、保健品、化妆品、食品、医用材料等。
按原料的来源分类：
（1）人体组织来源的生物药物：主要有人血液制品类、人胎盘制品类、人尿制品类；
（2）动物组织来源的生物药物：动物的脏器、其他小动物制得的药物如蛇毒、蜂毒等。
（3）植物组织来源的生物药物：中草药、有效成分；
（4）微生物来源的药物：抗生素、酶、氨基酸、维生素等；
（5）海洋生物来源的药物。
