①庇古手段多依赖于政府掌握的信息以及环境管理；科斯手段更多地依赖市场机制建立社会成本的环境经济政策来解决环境问题科。
②庇古手段需要政府实施收费或补贴，管理成本较大；而科斯手段需要政府界定产权。在产权制度不健全，污染者数量比较多情况下，环境资源的产权界定比较困难，企业间交易成本比较大。这又使得科斯手段效率降低。
③实施庇古手段，除了使社会获得环境效益外，还可使政府获得经济收益。例如，在中国，排污收费一直是环保部门筹措资金的手段。科斯手段则一般只获得环境效益。
④庇古手段一般提供不了刺激，因为费率或税率一般是固定的，而且经常低于治理污染的边际成本。它对所有厂商的标准一样，这又造成厂商之间的不公平。而科斯手段一般能刺激厂商采取措施改进生产设备，减少排污。
⑤如果被税收保护的人企图通过自己的行为影响税负和税收，实施庇古税可能导致另外一些外部性。例如，有些人为获得赔偿，搬到排放烟雾的工厂附近居住，或在工厂周围开设洗衣店，人为造成排放烟雾的社会成本增加，因而带来排污税（费）的增加。
当MTC与MMC交于F点，对应的边际成本和污染企业数分别MC0和Q2。此时，两种手段都可以采用。
当Q＜Q2时，MMC＞MTC，应选择科斯手段。当Q＞Q2时，MTC＞MMC，应选择庇古手段。但在G点以左，即在Q2＜Q＜Q4时，政府还可以继续选择庇古手段。
而在G点以右，即Q＞Q4时，由于MMC急剧回升，所以应考虑采用命令控制型手段。
