1.外源基因的整合率较低：外源基因导入到受体鱼中后，与受体基因组的组合至今还不能为人所调控，而是随机的整合整合率较低，一般不超过10％；
2.外源基因表达的效果较差：在外源基因发生整合的鱼中，能表达出外源基因产物的比例也不高
3.安全问题：
A.食用安全：安全和健康第一；而转基因生物是否会对人类造成危害（生理、遗传）还不能下定论；
B.生态安全：转基因物种的引入不应该干扰生态系统的结构和演替进程，不破坏水生生态系统的生物多样性和遗传稳定性；
C.基因操作过程安全性：如克隆载体的来源、特性、安全性；不同的基因转移方法是否会引起基因突变等等问题。
