西方列强对台湾的窥视和赤裸裸的军事挑衅，引起了清朝统治阶层的警觉。他们认识到台湾战略地位的重要性。清朝船政大臣沈葆桢、福建巡抚丁日昌等人还多次上奏折，认为必须加强台湾吏政。
中法战争期间，台湾成了一个重要的战场。当法军进犯台湾时，台湾防务的种种弱点都暴露出来了。中法战争结束后，清廷关于台湾海防展开了一次大讨论。左宗堂分析了台湾战略地位和中国海防的关系，提出了“建省分治”的主张。光绪十一年（1885年）十月十二日，慈禧太后在下旨创建海军的同时，下旨诏准左宗棠的奏请，福建政务由闽浙总督兼管，将福建巡抚改为台湾巡抚，正式下诏在台湾建省，即以抗法有功的福建巡抚刘铭传充任台湾巡抚。
