政教关系在近现代的沿革，大致经历了如下阶段：
（1）资产阶级的宗教改革运动。经过宗教改革运动的洗礼，国家摆脱了外部的宗教控制，宗教问题转变为主权国家的内部事务。
（2）资产阶级革命与政教分离。政教分离是现代资本主义国家所普遍采用的宗教与国家的关系模式。资产阶级革命时期，许多思想家提出了这一政治主张，随着资产阶级专政的建立和巩固，绝大多数国家的宪法都规定了政教分离的原则。它要求取消国教，所有的宗教在法律上都是平等的，教会与国家政权相分离，宗教不得干预国家的政治生活。
（3）当代资本主义国家与宗教。当代绝大部分资本主义国家都在宪法上规定了政教分离原则，但宗教作为一种不可忽视的社会力量，必然会对政治造成一定的影响，宗教与政治意识形态相互渗透，宗教也会影响政府的公共政策。
