1、存款主体不同：根据1986年4月26日起实行的《金融信托投资机构管理暂行规定》第十五条规定，可以进行信托存款的部门只能是财政部门、企业主管部门、劳动保险机构、科研单位及各种学会和基金会；而进行一般存款时，则无此种限制，即企业、机关、团体和个人都可以；
2、资金来源不同：信托存款的资金来源既不是社会生产和流通资金中暂时闲置的部分，也不是国家预算内资金，而是存在于生产流通环节之外，可由其自主支配的一部分社会闲置或机动资金。具体而言是财政部门委托投资或贷款的信托资金；企业主管部门委托投资或贷款的信托资金；劳动保险机构的劳保基金；科研单位的科研基金；各种学会、基金会的基金。其共同点是游离于生产和流通环节之外及非经营性，而一般存款资金来源则比它要宽泛得多；
3、经营机构业务范围不同：信托存款既可以在银行及其分支机构办理，也可以在金融信托投资机构办理；而一般存款只能在银行及其分支机构办理；
4、存款期限不同：信托存款为一年期以上（含一年）的定期存款，而一般存款的存款期限则灵活多样，不受限制；
5、规模和影响不同：由于信托存款的资金来源有严格的限制，它的范围远小于一般存款的范围。因此，二者的规模也是前者小后者大，对于国民经济发展所产生的影响亦然；
6、办理程序不同：信托存款办理具体程序为：存款人提出要求，经金融信托机构审查资金来源属规定范围后，由双方的法定代表人或其授权代表签订《信托存款协议书》以明确双方权利义务，存款人将款项划入已开立的信托存款帐户并取得金融信托机构出具的定期信托存款证书，同时开始计息。存款到期，由存款人提交信托存款证书，取回本息。一般存款的办理由存款人持款交给银行，取得存单（折）即可。信托存款到期，如要续存，应重新办理存款手续；而一般存款并不都要重新办理存款手续。
