1）税务登记，电子商务环境下，任何人无需通过工商部门登记就可以与网上交易.税收征管失去了最基本的前提和依据，因此对电子商务企业进行登记管理是电子商务税收面临的首要问题；
2）账簿和凭证管理.首先，随着电子商务的发展，企业之间可以通过互联网实现无纸化交易，导致税收审计稽查失去了最直接的实物对象，同时引发了电子票据和账簿的合法性问题；其次，电子凭证可以轻易地修改而不留任何线索、痕迹，在传输过程中广泛的采取了加密技术，税务机关对企业的经营交易状况难以跟踪追查，税收征管失去了可靠的审计基础；
3）纳税申报，传统报税方式不能满足电子商务的需求，电子报税将是电子商务纳税申报的主要方式。
