EDI产生于20世纪60年代的美国航运业。1968年美国的运输业许多公司联合成立了一个运输业数据协调委员会（TDCC），研究开发电子通信标准的可行性。早期EDI是点对点的，靠计算机与计算机直接通信完成。
20世纪70年代，数字通信网的出现加快了EDI技术的成熟和应用范围的扩大，出现了一些行业性数据传输标准并建立了行业性EDI。
20世纪80年代EDI应用迅速发展，美国ANSIX.12委员会与欧洲一些国家联合研究国际标准。1996年欧洲和北美20多个国家代表开发了用于行政管理、商业及运输业的EDI国际标准（EDIFACT）。随着增值网的出现和行业性标准逐步发展成通用标准，加快了EDI的应用和跨行业EDI的发展。
20世纪90年代出现InternetEDI，使EDI从专用网扩大到因特网，降低了成本，满足了中小企业对EDI的需求。
