教育行政上的完整制突出特点是各级政府直接领导监督教育事业，有利于教育事业的规划和统一发展，有利于协调教育与社会其他各方面的发展与平衡，使教育能更充分发挥其政治功能、经济功能、文化功能，促进国家的经济和社会发展，也有利于社会经济文化的发展更主动地依靠教育，另外教育直接归属各级政府领导监督，有利于教育经费的筹集。其主要弊端是使各级教育行政机构的政策措施缺乏独立性，难以适应地区临时的、特殊的需要；易忽视教育自身规律，不利于按教育规律办教育；易造成教育行政机构的决策指示的依赖性，妨碍各级地方教育行政机构积极性的发挥；与经济等想比较，教育在社会发展中的地位与作用也易被忽视。
教育行政上的分离制的主要长处在于便于教育满足地方的特殊需要，有利于按教育规律办教育，提高教育行政的效率；在政府首长不健全领导不力的情况下，不会严重影响教育行政的整体。其主要不利在于容易使教育行政自成系统，难与社会其他部相协调相配合；使地方政府难于统筹安排教育事业的发展。
