总体来说，元代的司法机关职责不清，设置混乱，司法官员的任命带有浓厚的民族歧视色彩。中央司法机关，主要有宗正府（主管蒙古及色目人案件）、刑部（主要司法行政机关及审判机关）、宣政院（最高的宗教管理机关与宗教审判机关）、奥鲁（主管蒙古军人、军户案件及军民之间的民事案件；与地方行政官员共管严重的军民间刑事案件）。
地方司法机关分设于省、路、府、州、县各级，由达鲁花赤审断案件。路一级是重要的审判机关，设总管府审理案件。在审判权限上，地方可以处罚杖罪以下案件，徒、流、死由司法监察机构审复，审判无误则移文本路，然后申奏刑部。
