真核生物的转录因子可以分为两部分，Binding Domain和Activated Domain。Binding Domain负责结合在DNA上，Binding Domain负责激活转录。二者都是相互独立的区域，但二者单独都不能有转录活性，必须结合在一起或相互靠近在一起才有活性。
在研究蛋白质相互作用中，将一种蛋白质的基因连接在Binding Domain上，将另一种蛋白质的基因结合在Binding Domain上，蛋白质基因表达后就与转录因子的两个Domain分别结合，两个蛋白质因相互作用而结合在一起，进而使Binding Domain和Activated Domain相互靠近在一起，从而形成具有转录活性的转录因子。在欲表达的基因区域连上报告基因，通过报告基因的表达与否，就可判断蛋白质之间是否发生了相互作用。
