电子束烟气脱硫的工艺过程大致由：予除尘，烟气冷却，加氨，电子束照射，付产品捕集五道工序组成。
烟气首先经锅炉静电除尘器除尘后进入冷却塔进一步除尘，降温和增湿，烟气温度从140℃左右降至60℃左右，此后将一定量的氨气，压缩空气和软水混合喷入反应器进口处，在此与烟气混合，经过高能电子束辐射后，SO2，NOx，在游离基作用下生成H2SO4和HNO3，并进一步与NH3发生化学反应，生成（NH4）2SO4和NH4NO3粉末，部分粉末沉降至反应器底部，通过输送机排出，大部分粉末随烟气一起进入后续的电除尘器，从而被收集下来，洁净的烟气经吸风机升压后进入烟囱排入大气。
