微生物肥料选择后，合理的施用也是十分必要的，必须与当地耕作、水分管理等有关农业技术措施密切配合，施用方法一般有拌种、浸种、蘸根、基施、追施、沟施和穴施。
（1）、三一专用生物有机肥系列：做基肥、追肥均可，条施、穴施或耕前撒施，尽量避免阳光直射，60-120kg/666㎡；
（2）、三一专用植物助丰液系列：浸种，用水稀释100-200倍；灌根稀释300-500倍，每株100-150毫升；冲施，600-1200毫升/666㎡，随水冲施。
（3）、三一牌有机物料腐熟剂系列：
秸秆还田专用有机物料腐熟剂：
秸秆反应堆专用有机物料腐熟剂：
通用型有机物料腐熟剂：
