衣原体一旦进入人体细胞内，可经过不同发育阶段，大量繁殖进入血液，使人类与动物受到感染，引起各类疾病。它可以存在于人体的眼结膜、咽部、宫颈、尿道等部位以及精液、尿液、粪便之中，所以衣原体感染的途径可以是通过性交传播，还可以通过日常生活接触感染，如手、眼或病人污染的衣物、器皿等媒介物，或胎盘、围产期传播等。
研究发现，在患盆腔炎的妇女中有一半是由衣原体感染引起的，而患有不孕症的妇女中有44.2％可检查到衣原体抗体，衣原体是导致不孕的重要原因。此外，衣原体还会引起妊娠妇女流产、早产、死胎，以及肺炎、非淋菌性尿道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、输卵管炎以及盆腔炎、直肠炎等。衣原体可以通过性接触进行传播，感染男性的尿道，引发特发性附睾炎、前列腺炎、直肠炎，导致男性不育等。衣原体感染约有70％的患者无明显症状，有些患者临床表现较轻。所以当女性出现白带增多、脓性白带、性交后出血，男性有尿道刺激症状时，要及时去医院诊治。
