制冷系统的蒸发器不直接安装在贮藏库内，而用来冷却中间介质（如盐水、氯化钙溶液等），再将冷却介质引人安装在库内的冷却管组，不断循环而降低库内温度。
间接冷却系统也可以达到很低的温度，如果用普通食盐20%的溶液，可降温至-16.5℃；若用氯化钙20%溶液则可降温至-23℃。这种方式的冷却速度比较慢，但因冷却系统的热缓冲量很大，可使库温波动大为降低。甚至在短时期停电的情况下，库温亦不至于上升过高。此系统可避免有毒及有臭味的制冷剂在库内泄漏而损害果实和入库人员。但由于有中间介质的存在，必须要求制冷剂在较低温度下蒸发，从而加重压缩机的负荷，并增添了中间介质泵的电力消耗。另外，食盐和氯化钙溶液对金属都有腐蚀作用。
