1.同正常底物的化学结构类似（包括电性和立体两方面），易被酶所识别，并形成复合物；
2.通常具有低反应性能的潜在基团和结构片断，在酶催化阶段经酶诱导激活，转化为高活性的基团或中间体；
3.与酶活性部位发生化学反应形成共价键，使酶不可逆失活。只对靶酶反应，具有高度专一性，毒性较低。
举例：单胺氧化酶（MAO）与许多疾病有关，某些MAO含有黄素，催化脂肪胺脱氨转化为醛，从而使体内生物胺的水平得以控制。
巴吉林（优降宁，pargyline)，氯吉林（Chlorgyline),丙吉林（deprenyl)，都是不可逆抑制剂，β，γ-炔基叔胺类化合物，其作用机理与底物类似，不同是在于结合后，电子从不稳定的碳流向炔基，产生活性的丙二烯结构，后者对酶活性中心产生亲电进攻，使酶不可逆失活：
发生的反应如下：
