1、物种途径。为保护特殊物种而建立优先保护区，进而保护整个生态系统。稀有种、濒危种、关键种以及具有文化价值的物种。旗帜种和指示种，有时也被称之为伞舰种。
2、生态系统途径。在运用生态系统途径进行保护时，一定要保证各种生态系统类型的代表性。向政策制定者及公众阐明生态系统的洪水控制、水清洁、娱乐等经济价值，比向他们阐明保护某些物种的重要性要容易得多。
3、生物多样性热点途径。在生物群落数据缺乏的情况下，某些生物个体可作为生物多样性保护的指示者。生物多样性异常丰富的生境类型往往特有程度也很高，即某些物种只出现在这类生境类型内。
