（1）生态系统自然保护区
对种类较为完整的自然生态系统（如森林、草原、荒漠、水域、湿地、海涂、近海海洋）及生物、非生物资源形成的复合体进行全面保护的地区。
这类保护区自然景观较完整，面积范围一般较大。
如西双版纳（热带季节雨林）、鼎湖山（南亚热带森林）、古田山（亚热带森林）、太白山（暖温带森林）、长白山（温带森林）、神农架（北亚热带森林）、武夷山、梵净山、阿尔金山（高寒荒漠生态系统）、南麂列岛（海洋、海岛生态系统）、草海（高原湿地生态系统）、达赉湖（水域生态系统）等自然保护区。
（2）珍稀植物或特殊植被及水源涵养自然保护区
对于特有、珍稀濒危植物及有特殊意义、价值或效益的各种植被类型进行保护的地区。
如庆元（百山祖冷杉）、雷公山（秃杉）、莘口（格氏栲）等自然保护区。
此外，还有一些保护区是保护涵养当地水源的植被。如广西大明山、九万山、海洋山和十万大山等。
（3）野生动物自然保护区
对各种特有、珍稀濒危动物或其他有特殊价值的野生动物及其栖息地进行保护。
如向海（丹项鹤、白鹤）、佛坪（大熊猫）、盐城（丹项鹤）、鄱阳湖（白鹤等珍贵水禽）、清凉峰（梅花鹿）和乌岩岭（黄腹角雉）等。
（4）森林公园（自然公园）
在自然景观优美、有观赏价值的地方。
划定时既要考虑保护自然环境及自然资源，开展保护管理及科学研究。同时又要有条件地开放一部分，以开展具有教育性质的参观游览，满足公众对文化、娱乐生活及欣赏大自然的需要，成为开展自然科学宣传教育的一个基地。
如千岛湖、普陀山、雁荡山等。
（5）自然历史遗迹保护区
对主要由非生物资源形成的地质剖面、化石产地、火山、温泉、岩熔、冰川等自然历史遗迹地区，需要采取特殊保护手段和措施进行保护。
如周口店北京猿人化石产地、黄山、张家界、雁荡山世界地质公园。
