李斯特认为，流行学派所作的自由贸易能使所有参与国获益的承诺并不现实。如果国与国之间经济发展水平相当，自由贸易对促进双方发展都具有积极作用。但是，现实的世界是一个发展不平衡的世界。当发达国家已经建立起完善的工业体系，具备强大的产品竞争力时，落后国家的市场开放只能是将自己幼稚无力的产业暴露在强大对手的打击之下，拱手让出市场的同时放弃民族产业未来的成长。李嘉图的相对优势原理要求各个国家按照相对优势进行分工，参与国际贸易，这将使发达国家专门从事高端产品生产而落后国家专门从事低端产品生产的格局持续下去，使发达国家对落后国家的剥削持续下去。
李斯特强调，贸易保护是落后国家追赶发达国家的唯一有效途径，是“弱国对抗强国以图发展的有力武器”，是“国家把贸易机会留给自己的方法”。落后国家的新兴产业具有幼稚产业的性质，在技术、规模、成本及市场等方面都处于弱势，如果没有政府保护，幼稚产业无法经受发达国家产品的冲击。幼稚产业的保护事关一国完善的产业体系的建立，是政府应当承担的职责。 “保护关税在初行时会使工业品价格提高；但是……经过相当时期，国家建成了自己的充分发展的工业以后，这些商品由于在国内生产成本较低，价格是会低落到国外进口品价格以下的。因此，保护关税如果使价值有所牺牲的话，它却使生产力有了增长，足以抵偿损失而有余。”
李斯特的贸易保护主义学说在他生前没有得到理论界的承认，在今天，也还不断受到主流经济学的批判。但是，在历史上，实施李斯特贸易保护主义政策的国家却不断取得成功。“铁血宰相”俾斯麦自称是李斯特的崇拜者。1862年，俾斯麦上任后，实施了统一国内市场，统一对外关税，建立铁路系统，保护和发展民族工业等一系列李斯特所倡导的政策，使普鲁士由一个分离、落后的国家发展为欧洲经济实力最强大的国家之一。在美国，李斯特贸易保护学说成为共和党的理论基石。在共和党推动下，美国国会通过了若干提高关税税率以保护国内市场的法案。在高关税保护下，美国工业得到迅速发展，1900年成为世界第一大工业强国。日本对外经济政策的制定也长期受到李斯特的影响，正是通过实施李斯特所倡导的贸易保护主义政策，日本得以建立起自己的强大的工业体系，成为亚洲第一工业强国。
