入孵前的种蛋要在孵化室内预温10～20小时，使其与孵化室内温度相当（20～22℃）。码蛋上盘装入孵化机（大头朝上）后，按每立方米空间使用高锰酸钾14克，福尔马林28毫升，在温度20～25℃、相对湿度60%～70%下，关闭箱门密闭熏蒸消毒20分钟。然后打开箱门让甲醛气彻底消散。应注意此时不要用烟雾弹消毒剂熏蒸消毒，否则对机具有腐蚀作用。
自野外采集的种蛋应该先照蛋，确定是否已经开始孵化，如果已经开始孵化，切忌用甲醛熏蒸消毒（可以用新洁尔灭浸泡消毒）。农家少量孔雀蛋消毒时，可在箱柜中进行熏蒸，也可以在缸里进行熏蒸。
