优良的菌种是获得优质发酵产品的前提和保证，在实际生产中获得一株优良的菌种，有时是非常不容易的，即使选到，如果保藏不适当，还会出现退化，如生产中菌种在试管斜面经多次传代，经常表现生长变慢，生长不齐、不产孢子，甚至“光秃”；或出现生产性能下降、抗逆性差等现象，这些都是菌种退化的表现。其原因可能是菌种自发突变；多核菌丝的霉菌不纯，传代后导致核分离；培养条件的变化；杂菌的污染等。
防止菌种退化的措施主要是：①尽量减少传代次数，减少自发突变的概率；②充分利用孢子接种，因霉菌菌丝都是有多个细胞核，而孢子是休眠体，一般是单核的，抗逆性强，不易退化；③采用合适的菌种保藏方法，如采用石蜡油封藏、沙土管封藏，最好是冷冻干燥保藏，斜面冷藏只适合菌种的短期保藏；④选择合适的培养条件，菌种培养和保藏中，应避免条件的经常变换（营养、温度等）；⑤生产中用菌应定期分离纯化和复壮。
