（1）预防和控制病原体的感染采用疫苗和抗生素控制病原体的感染可降低自身免疫性疾病的发生率。
（2）免疫抑制剂的应用免疫抑制剂是通过抑制细胞代谢途径或杀灭增殖细胞而发挥抗肿瘤的作用。药分为三大类：①抗代谢药如：甲氨蝶呤、硫唑嘌呤；②烷化剂：如环磷酰胺、瘤可宁；③新型免疫抑制剂：如环孢菌素A、FKS06、骁悉。T细胞疫苗也具有抑制自身免疫性疾病发生的作用。
（3）抗炎疗法如皮质激素，非甾体抗炎药等只能减轻自身免疫病的症状。
（4）生物治疗如细胞因子调节治疗，特异性抗体治疗，口服自身抗原等。
（5）干细胞移植。
（6）基因治疗。
