1、增加灾害发生的频率：兴建水库可能会诱发地震，增加库区及附近地区地震发生的频率。山区的水库由于两岸山体下部未来长期处于浸泡之中，发生山体滑坡、塌方和泥石流的频率会有所增加。
2、造成库区泥沙淤积：由于受水坝的拦截，受水势变缓和库尾地区回水影响，泥沙必然会在水库内尤其是大坝和库尾（回水的影响）淤积。
3、使土壤盐碱化：不断的灌溉又使地下水位上升，把深层土壤内的盐分带到地表，再加上灌溉水中的盐分和各种化学残留物的高含量，导致了土壤盐碱化。
4、恶化水质：库区水面面积大，大量的水被蒸发，土壤盐碱化使土壤中的盐分及化学残留物增加，从而使地下水受到污染，提高了下游河水的含盐量。
5、河水的水质的改变：由于水质的恶化及水流流速的减慢，使水生植物及藻类到处蔓延，不仅蒸发掉大量河水，还堵塞河道灌渠等等。这些水生植物不仅遍布灌溉渠道，还侵入了主河道。它们阻碍着灌渠的有效运行，需要经常性地采用机械或化学方法清理。这样，又增加了灌溉系统的维护开支。
6、对下游河道的影响：由于水势和含沙量的变化，还可能改变下游河段的河水流向和冲积程度，造成河床被严重冲刷侵蚀，入河（海）口向陆地方向后退。
7、增加发病率：由于水流静态化导致下游血吸虫病等流行病的发病率增加。
8、移民影响：由于水位上升使库区被淹没，需要进行移民。并且由于兴建水库导致库区的风景名胜和文物古迹被淹没，需要进行搬迁、复原等。
9、对气候的影响：库区蓄水后，水域面积扩大，水的蒸发量上升，因此会造成附近地区日夜温差缩小，改变库区的气候环境。
10、外交上的影响：在国际河流上兴建的水库，等于重新分配了水资源，间接的影响了水库所在国家与下游国家的关系。
11、价值的损失：淹没文物古迹或造成原有自然景观观赏价值的损失。
大坝、放水建筑物和泄洪建筑物是形成水库的三种基本建筑物。而这些建筑物的综合体，则称为水库枢纽，也称为水利枢纽。
