1、设立校内学生申诉委员会设立校内学生申诉委员会是建立校内申诉制度的前提。校内学生申诉委员会应具有相对独立性，直属校领导管理；学生代表应不少于三分之一，而且应该有一定的任期和改选制度；在审查并处理申诉案件时，原来参与作出处分决定的人员应当回避；明确校内学生申诉委员会及其工作人员的相关职责和法律责任。
2、完善校内学生申诉制度的程序规范程序越严格，救济就越有效；反之，程序不严格，救济的实效就不免受影响，甚至会使救济落空。可以从校内学生申诉的提出程序、审理程序、执行程序三个方面入手进行规范：一是“受理”，主管机关接到学生的口头或书面申诉后，可以依具体情况经审查后作出不同的处理，对属于自己主管的，予以受理；对不属于自己主管的，告知学生向其他部门申诉或驳回申诉。二是“调查和审理”，主管机关对学生申诉进行受理后，应该对事件进行调查核实。受理可采取要求原处分机关移送材料，听取当事人的陈述和申辩，调取相关证据材料等措施进行调查，然后进行审理。考虑到行政救济的简易、迅速，应以书面审理为原则，同时赋予当事人以口头陈述意见的机会。三是“做出处理决定”，根据审理的情况，可做出确认、变更、撤消原处分等裁决。
3、拓宽校内学生申诉后的救济渠道校内学生申诉有着其他救济方式不可替代的优越性，但这并不意味着它可以成为封闭性的解决纠纷的途径。当学生对申诉处理决定不服时，应允许学生就有关事项提起行政复议或行政诉讼。
