宝石内含物的理论来自于矿物的包裹体理论，根据宝石学研究的目的和对象加以改造，形成不同的研究重点：矿物学更重视包裹体对矿物形成条件的指示，因而着重研究包裹体的化学成分和物化性质；而宝石学更注意研究包裹对成因的指示，注重包裹体的种类和形态，并且把生带、色带、裂隙、双晶接合面等非异相物都当作包裹体看待，因而称为内含物更为达意。
宝石内含物是宝石真伪鉴定、产地鉴定的基础，根据宝石内含物的特征，可以区别天然和合成的宝石，鉴别经优化处理的宝石。例如，缅甸孟素矿山的红宝石具有特征的平行于底面（0001）的生长带，不同于其他产地的红宝石，甚至缅甸抹谷的红宝石。合成的祖母绿等宝石中，由于合成工艺中的种晶的生长面往往采用快速生长的面网，造成合成祖母绿的生长带（色带）与C轴斜交，与天然祖母绿平行C轴的特征不同。所以，对宝石内含物研究作出重大贡献的瑞士宝石学家Gubelin博士（怀念古柏林博士）认为：内含物是宝石最普遍，最可靠，最确实的鉴定特征。
宝石内含物可以在肉眼、放大镜和显微镜下观察和研究，借助于现代的电子探针、拉曼探针等技术，宝石内含物作用得到更大的发挥。
