农田防护林具有改善农田小气候的功能，从而对土壤的水、热条件有相应的改善。此外，根系的活动和地上部分树木有机体的积累，枯落物分解，必然对土壤微生物的区系组成和活动产生积极的影响，并导致土壤特性、肥力和结构的改变。因此，农田防护林是地区生态平衡和生物群落的物质转化的重要因素。由于实现农田林网化之后，环境条件得到显著改善，土壤肥力得以提高，空气中的氧得到补充，就形成了一个地区性的动植物区系和微生物区系相结合的生物生态系统。
良好的小气候环境和农作物的茂盛生长，对土壤中的微生物活动有很大的促进作用。每年农作物的根系和枯落物大量聚积在土壤表层，这些有机物质经过微生物的分解，使土壤腐殖质含量增加。久而久之，有使黑钙土向厚黑钙土转化，使沙土向沙壤土转化的可能。
