办学自主权具有三个基本特征。
第一，办学自主权是教育机构特有的、基本的权利，是学校成为教育法律关系主体的前提。不论学校是否具有独立财产，能否独立承担民事责任，都应具有办学自主权。不享有此种权利，也就意味着在法律上不享有实施教育教学活动的资格和能力，也即不成为教育机构。
第二，办学自主权在本质上是一种公共权力，即学校行使此种权力时，必须符合国家和社会的公共利益，必须贯彻国家的教育方针，遵守法律和国家主管机关规定的条件和程序，不得根据自己的主观意志，任意行使，但也不得放弃和转让。一旦发现学校滥用此种权力，违背国家法律和有关规定，危害社会公共利益，或者有严重的渎职行为，侵害了受教育者、教师、职工的合法权益，主管机关可以分别情节轻重，予以行政处理，必要时逐项剥夺此种权利，直至勒令停办。
第三，办学自主权是一种与民事权利既有区别又有联系的权利。区别主要表现在，民事权利是民法赋予民事主体享有的、与财产关系和人事关系密切相关的权利。民事主体可以根据自己的独立意志，行使民事权利，甚至可以放弃某些民事权利。联系之处主要表现在，学校享有民事权利，特别是享有财产权利，有助于办学自主权的顺利行使。如果学校办学经费严重困难，必然影响教育教学活动的正常惊醒，妨碍办学自主权的行使。另外，学校享有的使用、管理财产和办学经费的民事权利，本身也是办学自主权的一个具体体现。
