魏晋南北朝的行政体制既从总的趋势上呈现出加强中央集权的集中倾向，又不时伴随出现背离中央集权的分散倾向。这种体制上的两重性也反映到行政决策上，使这一时期的行政决定呈现出两种截然不同的程序：（1）、权臣擅政、皇帝被置于傀儡或半傀儡地位的偏离中央集权原则的决策方式，通常表现为以下两种情况：
①魏晋南北朝时期是一个政权更迭频繁的时期，权臣迭出。这些权臣的目的在于夺位改统，因此，他们逐步剥夺皇帝的行政决策权，使皇帝完全成为他们的傀儡。
②魏晋南北朝时期，特别是东晋时期，门阀士族势力膨胀，成为行政决策上对皇权的一种制约。这一时期的行政决策多出现皇帝和士族共同决策的局面。在这种政治格局之下，皇帝往往处于半傀儡地位，但仍能发挥一定的作用。
（2）、强化君主专制中央集权的决策方式。魏晋南北朝时期改朝换代频繁，这造成皇权一定程度的衰落。但改号易统之后，昔日的权臣变成了现今的君主。君臣地位的转换使他们必定十分注重加强君主专制权力，紧紧抓住行政决策权，以避免大权劳落。因此，在这种情形下，皇帝能够贯彻自己的意志，独立地行使行政裁决权。依决策内容的不同，决策方式有所差异，大致上有以下两种形式：
①对于重大的事务，依据秦汉以来的传统决策形式采用的集议的方式，由皇帝召集群臣集议，最后由皇帝作出裁决。
②对于一般性政务，则多通过日益成熟的三省制度来加以解决。在这一决策程序中，各机构上报文书经三省审核后，择要送达君主，皇帝裁断后由承担草诏工作的官员草诏，经皇帝认可后，由宰相副署，然后下达执行，行政决策过程即告结束。
