二者的区别有：
（1）评价的角度和基本出发点不同。财务评价站在项目的层次，从项目的财务主体、投资者等角度去评价项目；国民经济评价站在国家的层次，从全社会的角度去评价项目。
（2）由于分析的角度不同，项目效益和费用的含义以及范围划分也不同。财务评价只根据项目直接发生的财务收支，计算项目的直接效益和费用；国民经济评价不仅考虑项目的直接效益和费用，还要考虑项目的间接效益和费用。从全社会的角度考虑，项目的有些收入和支出不能作为费用或效益，如企业向政府缴纳的大部分税金和政府给予企业的补贴、国内银行贷款利息等。
（3）两者使用的价格体系和参数不同。财务评价使用预测的财务收支价格和基准收益率；国民经济评价则使用影子价格和社会折现率。
（4）财务评价主要进行盈利能力分析、偿债能力分析、财务生存能力分析；而国民经济评价只有盈利能力分析，即经济效率分析。
二者的联系是：国民经济评价与财务评价的相同之处主要有：两者都使用效益与费用比较的理论方法；遵循效益和费用识别的有无对比原则；根据资金时间价值原理进行动态分析，计算内部收益率和净现值等指标。两者的联系很密切，在很多情况下，国民经济评价是利用财务评价已有的数据资料，在财务评价的基础上进行的。
