菌种保藏的目的在于保持菌种的优良性状，降低其不纯和衰退速度。菌种保藏的方法很多，其原理都是采用干燥、低温、冷冻或减少氧气供给等手段，终止菌种繁殖，降低代谢强度，使之处于休眠假死状态，以达到较长期的保藏目的。常用以下几种方法：
（1）斜面低温保藏：利用低温对微生物生命活动有抑制作用，是一种最简便最普通的保藏方法。缺点一是保藏时间短，二是转管次数多，菌种易退化。
（2）石蜡油保藏：利用石蜡油使菌种与外界空气隔绝、代谢活动降低，防止菌种老化的方法。可保存菌种1～2年不至丧失生活力。但对有些菌类不太适用。缺点是需直立培养，也不便携带。
（3）冷冻干燥法：采用真空、干燥、低温三结合的保藏方法，使菌种代谢活动处于相对静止状态。保藏期可达10年以上。但需一定的设备，且操作要求比较严格。
（4）液态氮超低温保藏：采用超低温液态氮保藏菌种，使菌种代谢活动处于相对静止状态。是长期保藏菌种的好方法。但目前液氮保藏设备昂贵，应用还不普遍。
（5）其它保藏法（砂土保存法、滤纸片保存法、干孢子真空保藏法等）。
