分离工序对于豆乳蛋白质含量和固形物的回收有着重要影响。一般控制豆渣含水量在85%以下。豆渣含水量过大，则豆乳中蛋白质等固形物回收率降低。浆渣分离常采用离心分离方法，分离豆浆可采用热浆分离，此时高温浆体黏度低，有助于达到分离操作目的。
尽管在豆乳的生产过程中采取了一系列的灭酶办法以消除不良影响，但豆乳中仍然不可避免地含有一些异味成分，异味成分有的是大豆本身所含有的，也有在磨浆等加工工序中产生的。真空脱臭的作用就是要最大限度地除去豆乳中的异味物质。真空脱臭工序分两步完成。首先是利用高压蒸汽（600kPa）将豆乳加热到140℃～150℃，然后将热浆体迅速导入真空冷却室，对过热的豆乳抽真空，降低豆浆温度至70℃～80℃。
