细菌虽小，但仍有一定的细胞结构和功能，各种细菌均具有的结构称为基本结构，它包括细胞壁、细胞膜、细胞质和核质等结构。
（1）细胞壁：细菌细胞壁坚韧而富有弹性，其主要功能是维持菌体固有的形态，并保护细菌抵抗低渗环境，使细菌能在相对低渗的环境下生存。由于细胞壁上有许多小孔，因而细胞壁也参与菌体内外的物质交换。胞壁表面还带有许多抗原表位，亦可诱导机体产生免疫应答。
（2）细胞膜：又称胞质膜，其主要功能有物质转运、生物合成、分泌和呼吸等作用。
（3）细胞质：又称原生质，其中含许多重要结构，如核糖体、质粒、胞质颗粒等。其功能分别由不同结构而决定。核糖体是细菌合成蛋白质的场所；质粒是细菌染色体外的遗传物质，它带有遗传信息，控制细菌某些特定的遗传性状；胞质颗粒又称内含物，为细菌储藏的营养物质，某些细菌可具有特殊的颗粒，如白喉棒状杆菌的异染颗粒，对鉴定细菌具有一定的作用。
（4）核质：又称拟核，是细菌的遗传物质，它控制细菌的各种遗传性状，是细菌遗传变异的物质基础。
