酸法水解：（通常以5-10倍的20%HCl煮沸回流16h-20h，或加压于120摄氏度水解12h，可将蛋白质水解成氨基酸）优点：水解彻底，水解的最终产物是L-氨基酸，没有旋光异构体的产生。缺点：营养价值较高的色氨酸几乎全部被破环，而与含醛基的化合物（如糖）作用生成一种黑色物质，称为腐黑质，因此水解液呈黑色。此外，含羟基的丝氨酸、苏氨酸、洛氨酸也有部分被破坏。此法常用于蛋白质的分析与制备。
碱法水解：（可用6摩尔每升NaOH或4摩尔每升氢氧化钡煮沸6小时即可完全水解得到氨基酸。优点：色氨酸不被破坏，水解液清亮。缺点：水解产生的氨基酸发生旋光异构作用，产物有D-型和L-型两类氨基酸。D-型氨基酸不能被人体分解利用，因而营养价值减半；此外，丝氨酸、苏氨酸、赖氨酸、胱氨酸等大部分被破坏，因此碱水解法一般很少使用。
蛋白酶法水解，优点：条件温和，常温（36-60摄氏度）/常压和PH值在2-8时，氨基酸完全不被破坏，不发生旋光异构现象。缺点：水解不彻底，中间产物较多。根据水解的程度分（蛋白质--膘--胨--多肽--二肽--氨基酸）蛋白质煮沸时可凝固，而膘、胨、肽均不能：蛋白质和膘可被饱和的硫酸铵和硫酸锌沉淀，而胨以下的产物均不能；胨可被磷钨酸等复盐沉淀，而肽类及氨基酸均不能，借此可将产物分开。
