①来源不同：合成色素是指用人工化学合成方法所制得的有机色素。天然色素是由天然资源获得的食用色素。
②对人体的伤害：天然色素无副作用，安全性高。某些合成色素会危害人体健康。
③大部分植物色素染着力较差，染着不易均匀，而合成色素鲜丽明亮。
④稳定性：大部分植物色素对光、热、氧、微生物和金属离子及pH值变化敏感，稳定性低。合成色素稳定性强。
⑤局限性：就一种植物色素而言，应用时专用性较强，应用范围有一定的局限性。而人工合成色素应用范围广。
⑥生产成本：天然色素生产成本较高。合成色素生产低廉。
