食品发酵工程是指采用发酵设备，利用微生物的生长和代谢活动，经过优选的细胞或经过现代技术改造的菌种进行放大培养和控制发酵，获得工业化生产预定的食品或食品的功能成分的过程。微生物发酵技术在食品工业中的应用包括：生产微生物酶，培养微生物菌体，获取微生物体内或体外的各种有用酶类物质；生产微生物代谢产品；生产微生物转化产品，利用微生物酶的作用来改变农产品、畜产品及水产品的色、香、味等；生产微生物菌体，培养细菌、酵母菌和真菌，然后从培养物中分离出菌体，用作粮食、饲料或其他再加工制品。具体的应用有：
（1）食用醋的发酵生产；
（2）发酵乳制品。
